A Comissão Coordenadora do Programa (CCP) é responsável pela coordenação geral do Programa. A sua atuação inclui o estabelecimento das normas de atuação do Programa e dos critérios para seleção de ingresso de novos alunos, bem como a análise dos projetos de pesquisa em proposição e dos processos para concessão de auxílio financeiro.
A CCP do Programa de Pós-graduação em Alergia e Imunopatologia é constituída pelos seguintes membros:
Titulares:
1. Edécio Cunha Neto (Coordenador)
2. Keity Souza Santos (Vice-coordenadora)
3. Fábio Fernandes Morato Castro
Suplentes:
1. Esper Georges Kallás
2. Pedro Francisco Giavina-Bianchi Jr.
3. Jorge Elias Kalil Filho
Representantes discentes:
Carolina Agondizo Correia - Titular
Roberta Liberato Pagni - Suplente